後発医薬品調剤体制加算は、新規開局後いつから算定できるのか？

について、結論から言うと 最短で4ヶ月目(３ヵ月経過の翌月)から算定できます 。

具体例
4月中に開局した薬局の場合、
4月･5月･6月の３ヶ月間の実績が、定められた後発医薬品使用率を超えており、
7月1日(その月最初の開庁日)に地域の厚生局(大阪にある薬局の場合は近畿厚生局)に届け出て受理されれば
7月1日(その月最初の営業日)から算定することができます。

※以下、上記の根拠となる情報等を、厚生労働省や厚生局の発表資料を引用して確認してゆきます。

根拠となる情報

※東海北陸厚生局のページより引用・抜粋

Q1-3　保険医療機関(保険薬局)の申請書や届出書の締切日を教えてください。

A　締切日について

1.保険医療機関（保険薬局）の指定申請
新規指定申請書の締切日（提出期限）は毎月20日。（20日が土日・祝祭日の場合は、その前の平日）
ただし、指導監査課（愛知県）につきましては、書類件数を勘案して、毎月の提出期限を別途定めています。

2.施設基準の届出等
届出を受理した日の翌月1日から当該届出に係る診療報酬の算定が可能となります。
ただし、月の最初の開庁日 (例えば1日が日曜日であれば、2日の月曜日が最初の開庁日となります。) に届出を受理した場合は、当該月の1日から算定可能となります。

なお、届出事項の変更等につきましては、すみやかに届出をお願いします。